Był rodowitym galicjaninem. Urodził się 30 grudnia 1888 w Krakowie, gdy wiek XIX wchodził w swój najpiękniejszy okres politycznej stabilizacji, coraz większego dobrobytu, kulturalnej i cywilizacyjnej pełni. Wkrótce jednak cała rodzina Kwiatkowskich przeniosła się na wschód, do odziedziczonego pod Zbarażem majątku. Dzieciństwo więc Eugeniusza przebiegało w cieniu ruin zbaraskiego zamku, a zarazem i pod skrzydłami co dopiero zrodzonej wielkiej sienkiewiczowskiej historycznej wizji. Jak smakować mogło "Ogniem i mieczem" czytywane na murach zbaraskiej twierdzy, na ziemi, po której ciągnęły hufce księcia Jaremy, kozackie sotnie i tatarskie czambuły? Na małym Eugeniuszu wywierało to wielkie, niezapomniane do końca życia wrażenie.
Gdy dorósł rodzice posłali go początkowo do cesarsko - królewskiego gimnazjum ś. Józefa w stołecznym dla Galicji mieście Lwowie. Wszelako wobec niezbyt wielkich postępów w nauce trafił w końcu Eugeniusz do gimnazjum oo. jezuitów w Chyrowie, jednego z najlepszych podówczas zakładów wychowawczych na ziemiach polskich. Jezuicka dyscyplina połączona z wychowawczą biegłością wysoko kwalifikowanej chyrowskiej kadry wyszły Eugeniuszowi na dobre: nabył dzięki nim pasję naukową, zbudował zręby dojrzalszego już patriotyzmu, jak i zdrowej religijności połączonej z silnym kośćcem moralnym, co miało go charakteryzować do końca życia.
Po maturze w maju 1907 roku rozpoczął Kwiatkowski studia na Wydziale Chemii Technicznej Politechniki Lwowskiej, by kontynuować je następnie na Królewskiej Bawarskiej Wyższej Szkole Technicznej w Monachium. Studia dały mu bardzo dobre przygotowanie zawodowe o czym świadczy fakt, iż po ich zakończeniu i po kilkumiesięcznej praktyce, został jesienią 1913 r. zatrudniony na stanowisku wicedyrektora prywatnej gazowni inż. Bańkowskiego w Lublinie, a więc za kordonem, w rządzonym przez Rosjan Królestwie Polskim.
Studia to szczególny okres w życiu każdego młodego człowieka. Dla Eugeniusza Kwiatkowskiego stanowiły także okres jego politycznej inicjacji. A dziesięciolecie przed I wojną było szczególnie bogate w różnego rodzaju młodzieżowe inicjatywy, jawnie nawiązujące do idei niepodległości, a z czasem prowadzące do niemal jawnych przygotowań do walki zbrojnej o wolną Polskę. Kwiatkowski związał się z ruchem młodzieżowym "Zarzewie", który wyrastał ze związanego z ruchem narodowo-demokratycznym tajnego Związku Młodzieży Polskiej "Zet". Gdy jednak narodowcy akcentować zaczęli zasadę realizmu politycznego i odłożenie na razie programu niepodległościowego, część młodzieży z "Zetu" wyłamała się zakładając odrębną organizację, "Zarzewie" właśnie. To zarzewiacy - obok członków "Strzelca" kierowanego przez Józefa Piłsudskiego, stanowić będą zrąb legionów, które - za przyzwoleniem Austro - Węgier powstaną po wybuchu I wojny światowej z programem walki z bronią w ręku o wolną Polskę pod polskim już sztandarem.
Nie może więc dziwić fakt, że i Kwiatkowski - po wypędzeniu Rosjan z Lublina, zaciągnął się w 1916 roku do legionów. Tam przydzielono mu funkcję oficera werbunkowego, którą pełnić miał do końca wojny.
W Polsce niepodległej włączył się Kwiatkowski zrazu w prace organizacyjne polskiego przemysłu chemicznego, wykładał chemię na Politechnice Warszawskiej, pisał artykuły o problemach strategii gospodarczej młodego polskiego państwa. Z czasem zaczął urastać do rangi fachowca w swej szczegółowej dziedzinie, a zarazem eksperta od spraw ogólniejszych, polityczno - gospodarczych. Z początkiem 1923 roku objął stanowisko dyrektora technicznego Państowej Fabryki Związków Azotowych w Chorzowie, kierowanej przez prof. Ignacego Mościckiego, przyszłego prezydenta Rzeczpospolitej. Praca na Śląsku otworzyła Kwiatkowskiemu nowe perspektywy i to nie tylko zawodowe czy polityczne. Dała mu głęboki wgląd w problemy ziem zachodznich - jak to wówczas mówiono - "zachodnich kresów Rzeczpospolitej", które Kwiatkowski, Galicjanin i to wschodni, zrozumiał jak rzadko kto w jego środowisku. Jego przeświadczenie o znaczeniu Śląska, Poznańskiego i Pomorza dla niepodległej Polski wynikało z jego analiz gospodarczych i geostrategicznych, imponowały mu też gospodarcze osiągnięcia Wielkopolan, co niejednokrotnie podkreślał.
Tymczasem przyszedł rok 1926, w maju marszałek Józef Piłsudski zbrojnie obalił istniejący rząd prawicowo - ludowej koalicji i przejął kontrolę nad państwem. Nie może dziwić fakt, iż zwycięski obóz sanacyjny wykorzystał talenty i umiejętności związanego z nim Eugeniusza Kwiatkowskiego, którego nowy premier, Kazimierz Bartel powołał na stanowisko ministra przemysłu i handlu. Pomimo częstych zmian rządów pozostał on na tym stanowisku aż do 1930 roku, mogąc z powodzeniem realizować swój program gospodarczy. Główną jego zasługą było w tym czasie nadanie nowego tempa budowie Gdyni, która, choć zainicjowana przez Sejm w 1923 roku, potrzebowała dodatkowego silnego impulsu. To dzięki staraniom Kwiatowskiego ten nowy port zaczął pełnić funkcję polskiego okna na świat, przyczyniając się znakomicie do naszego uniezależnienia się w tej mierze od niemieckiego Wolnego Miasta Gdańska. Już wtedy dało się zauważyć, iż Kwiatkowski należał do tej rzadkiej kategorii osób, które są zdolne przekraczać granice własnego środowiska, także politycznego. Ten identyfikowany z sanacją polityk doskonale potrafił się porozumieć tak z narodowymi demokratami, konserwatystami, jak z ludowcami i socjalistami. Był bodaj czy nie jedynym ministrem sanacyjnego rządu zapraszanym z gościnnymi wykładami na Uniwersytet Poznański, ostoję wówczas narodowych demokratów. Był to wyraz docenienia przez poznaniaków zarówno tego, iż wspierał on rozwój naszych Targów, jak i może przede wszystkim zasług, jakie położył przy organizacji Powszechnej Wystawy Krajowej w 1929 roku, tego najbardziej spektakularnego poznańskiego przedsięwzięcia w XX-leciu międzywojennym.
Kwiatkowski, przeciwnik ostrych, represyjnych metod rozprawiania się z antysanacyjną opozycją, niezbyt zresztą osobiście lubiany przez Marszałka Piłsudskiego, rozstał się z teką ministerialną w 1930 roku. Wrócił jednak do rządu już po śmierci Marszałka, jesienią roku 1935, nie bez poparcia swego dawnego przełożonego, a obecnie prezydenta Rzeczpospolitej, Ignacego Mościckiego. Tym razem jednak objął funkcję wicepremiera do spraw gospodarczych i ministra skarbu, osiągając tym samym szczyt swej politycznej kariery. Znękanej kryzysem gospodarczym Polsce potrzeba było wówczas nie tylko sprawnego gospodarza, ale przede wszystkim człowieka z wizją dalszego rozwoju. Kwiatkowski taką wizję posiadał. Rozumiał on doskonale, że w ubogiej Polsce trudno znaleźć kapitał zdolny ponieść większe ryzyko inwestycyjne. W tej sytuacji ciężar gospodarczego podniesienia kraju musiało wziąć na siebie państwo. Wyrazem tych poglądów była koncepcja Centralnego Okręgu Przemysłowego, który centrum stanowić miały widły Wisły i Sanu. COP - ukochane "dziecko" Kwiatkowskiego - miał podnieść gospodarczo te zaniedbane tereny przyczyniając się do niwelacji różnicy między Polską "A" i tzw. Polską "B", gospodarczo i społecznie niedorozwiniętą. Zainicjowana w lutym 1937 r. budowa COP-u stała się największą inwestycją młodego państwa polskiego. Do 1939 r. powstające tu zakłady zatrudniły około 90 tysięcy ludzi, co - wespół z dalszymi kilkunastoma tysiącami zatrudnionymi w rzemiośle i handlu oznaczać miało chleb dla niemal pół miliona osób. Jak pisała ówczesna prasa: "COP uderza nie tylko wielkością przeprowadzanych inwestycji wytwórczych, nie tylko tempem pracy, jej planowością i zapałem - lecz także nowoczesnością oraz wartością techniczną rzeczy tworzonych". COP mógł stać się zaczątkiem czegoś rzeczywiście nowego, nowej pozycji gospodarczej Polski w Europie, ale i być może nowego polskiego etosu, czerpiącego dumę nie tyle z brawury na polu bitwy, lecz z jakości i nowoczesności polskiej pracy. Długofalowy plan rozwoju obejmował okres aż do lat 50-tych, pierwszy etap miał się zakończyć w roku 1942 wybudowaniem zrębów polskiego przemysłu zbrojeniowego. Lecz nawet ten pierwszy etap nie został ukończony. Hitlerowska i sowiecka agresja we wrześniu 1939 roku położyła kres istnieniu niepodległego państwa polskiego.
Kwiatkowski podzielił w tym czasie los innych przedstawicieli najwyższych władz Rzeczpospolitej. Przeszedłszy na terytorium Rumunii został internowany i pozostał tam aż do 1945 roku. Z wojny Polska wyszła straszliwie okaleczona: w terytorialnie nowym kształcie, pozbawiona milionów swych obywateli, materialnie zdewastowana, okupowana przez sowieckie wojsko, z utrzymującym na razie pozory politycznego pluralizmu, narzuconym przez Stalina rządem. Wojenne zniszczenia, a i konieczność zagospodarowania nowych ziem, w tym długiego pasa wybrzeża przy jednoczesnym braku zdziesiątkowanej przez wojnę fachowej kadry, zwróciły uwagę na Eugeniusza Kwiatkowskiego, którego kompetencje dotyczące spraw polityki morskiej były absolutnie niekwestionowane. On sam podjął propozycję Rządu Jedności Narodowej i objął funkcję Delegata Rządu do Spraw Wybrzeża. Przez następne kilka lat kierował więc odbudową pomorskich miast, uruchamianiem portów, tworzeniem bazy instytucjonalnej dla gospodarki morskiej, organizacją floty handlowej. Z czasem komunistyczni władcy Polski Ludowej uznali, że i jego kompetencje nie są już potrzebne. W 1948 roku otrzymał dymisję, której towarzyszyła niewybredna kampania prasowa. W 1949 roku osiadł w Krakowie: otrzymał bowiem zakaz osiedlenia się na Pomorzu oraz w Poznaniu i Warszawie. Dla polityka wiek lat sześćdziesięciu to wiek sięgania po najważniejsze funkcje w państwie, to wiek najbardziej dojrzałej fazy publicznej działalności. Kwiatkowski tymczasem odchodził na przymusową, gorzką emeryturę. Przetrwawszy jakoś najczarniejszą noc stalinowską, zajmował się później pisaniem artykułów z zakresu swej pierwotnej specjalności - chemii, niekiedy wypowiadał się też w sprawach polityki gospodarczej, szczególnie morskiej. Polsce ludowej nie był potrzebny ani jego potencjał intelektualny, ani gospodarcza kompetencja, ani polityczne doświadczenie.
W latach 70-tych zaczął być gościem w krakowskim pałacu biskupim, na spotkaniach, na których kardynał Karol Wojtyła gromadził kurczącą się grupę dawnych legionistów. Na opłatkowe spotkanie legionistów w 1974 roku Eugeniusz Kwiatkowski nie miał już dotrzeć. Zmarł 22 sierpnia tegoż roku w Krakowie. Kardynał Wojtyła pożegnał zmarłego na Cmentarzu Rakowickim, a wcześniej w czasie nabożeństwa żałobnego w katedrze wawelskiej. Powiedział tam między innymi: "logika życia tego człowieka wymaga, aby modlitwa za jego duszę popłynęła z wawelskiej katedry". "Logika życia..." Nie można było chyba lepiej podsumować i docenić życiową drogę Eugeniusza Kwiatkowskiego.