Szamotulski kościół, nazywany kolegiatą, budzi podziw zarówno ciekawym wystrojem wnętrza, jak i strzelistym pięknem gotyku. Zaliczany jest do najwartościowszych zabytków architektury gotyckiej w Wielkopolsce, a jego dzieje łączą się od czasów najdawniejszych z historią miasta. Z zachowanych dokumentów i wzmianek wynika, że już w 1298 roku istniała w tym miejscu świątynia. Była to zapewne niewielka budowla z drewna, po której nie zachował się żaden ślad. Dopiero w roku 1423 przystąpiono do budowy świątyni murowanej. W tym samym czasie ustanowiono w Szamotułach prepozyturę i kolegium złożone z ośmiu misjonarzy. Jednonawowy kościół z cegły w stylu gotyckim, wzniesiony z fundacji możnych mecenasów Wincentego i Dobrogosta Świdwów - Szamotulskich, został oddany do użytku wiernych w roku 1431. Kolejny przedstawiciel rodu, Piotr Świdwa - Szamotulski, przyczynił się do powołania przy kościele zespołu śpiewającego Capella Cantorum Sanctissimore Trinitatis, który miał odtąd uświetniać śpiewem nabożeństwa. Fundację tę zatwierdził papież Sykstus IV w 1475 roku. Kiedy Szamotuły podzielono pomiędzy Świdwów - Szamotulskich i Górków, świątynia znalazła się w części należącej do tych ostatnich.
Z inicjatywy nowego właściciela Łukasza II Górki dokonano rozbudowy. Przede wszystkim dostawiono dwie gotyckie nawy boczne, a prezbiterium zwężono i podwyższono. Zabiegi te łączyły się z koniecznością wzniesienia nowych filarów i arkad międzynawowych, a także sklepień. W takiej formie, z niewielkimi już zmianami, świątynia przetrwała do dziś. Powiększona budowla doczekała się wyniesienia do godności kolegiaty, co nastąpiło 20 lutego 1542 roku.
Wiek XVI był świadkiem dramatu: w kościele nastąpił podział. Łukasz Górka po przejściu na luteranizm oddał kolegiatę do użytku protestantom za aprobatą Jana Świdwy - Szamotulskiego. Katolicki proboszcz i inni księża musieli przenieść się do mniejszego kościółka drewnianego p.w. Św. Marcina w Starych Szamotułach, gdzie rezydowali do 1577 roku. Później kościół uczyniono zborem Braci Czeskich. Na skutek protestów duchowieństwa rzymsko-katolickiego podjęto decyzję, że świątynia będzie służyć na przemian to katolikom, to braciom. Dopiero po wymarciu Górków kolejny właściciel miasta - Jakub Rokossowski - katolik, ostatecznie oddał kolegiatę katolikom.
Cudowny obraz Pani Szamotulskiej w roku 1665 znajdował się w kaplicy zamkowej. Komisja biskupia, po zbadaniu niezwykłego zjawiska łez, nakazała przeniesienie wizerunku do skarbu kolegiaty. W roku następnym jednak przeniesiono go uroczyście i umieszczono w głównym ołtarzu. Już wtedy obraz uznano za cudowny i świątynia stała się celem licznych pielgrzymek, a kult maryjny zaczął się rozwijać. W latach 1884-1890 dokonano gruntownego remontu budowli.
Kolejne ważne wydarzenia nastąpiły w 20-leciu międzywojennym. W roku 1923 obchodzono uroczyście 500 rocznicę powstania kolegiaty. Przybył ks. Prymas Edmund Dalbor, który osobiście poprowadził nabożeństwo. Było to dla szamotulan wielkie święto religijne. W 1930 roku z inicjatywy ks. Proboszcza Bolesława Kaźmierskiego obok kolegiaty wzniesiono okazałą dzwonnicę. Okupujący Szamotuły hitlerowcy w 1941 roku zamknęli kościół i zrabowali najcenniejsze zabytki, w tym wiele obrazów i spiżową płytę nagrobną Andrzeja Szamotulskiego. Przepadła także wspaniała biblioteka kolegiacka ze starymi unikatowymi woluminami. Na szczęście obraz Matki Bożej Pocieszenia udało się bezpiecznie ukryć i przechować kościelnemu, Henrykowi Ciężkiemu. 27 stycznia 1945 roku armia radziecka oswobodziła miasto. Wszystko powoli zdawało się wracać do normy.
Kolegiata została oddana wiernym, którzy jak dawniej znów mogli się tu modlić i uczestniczyć w nabożeństwach. W roku 1952 kolegiatę gruntownie wyremontowano i przywrócono jej charakter gotycki, co najbardziej zmieniło wygląd wnętrza. Ściany pokryto polichromiami Wacława Tarauczewskiego. Istotnym momentem w dziejach kolegiaty było nawiedzenie jej przez Prymasa Tysiąclecia, ks. Kardynała Stefana Wyszyńskiego związane z dokonaną przez niego koronacją obrazu Matki Bożej Pocieszenia. Ta wizyta stała się manifestacją wiary i silnego kultu maryjnego. W latach 1978-1984, w trakcie remontu wzmocniono ściany i dach kościoła. Odnowiono też witraże, a niektóre z nich zastąpiono nowymi. Całkowicie odnowiono ołtarz Matki Bożej "Szamotuł Pani", który był tak zniszczony, że należało go zrekonstruować.
Rok 2000 ogłoszony został przez Ojca Świętego Jana Pawła II Rokiem Jubileuszowym. Z tej okazji m.in. szamotulska świątynia dostąpiła godności Kościoła Jubileuszowego. W szamotulskim kościele znajduje się słynący na całą okolicę obraz Matki Bożej Pocieszenia "Szamotuł Pani". Wizerunek jest ruską ikoną namalowaną według jednego z najbardziej znanych i najpiękniejszych przedstawień Bogurodzicy, Matki Bożej Kazańskiej. 20 września 1970 roku odbyła się w Szamotułach wspaniała uroczystość koronacji cudami słynącego obrazu Matki Bożej Pocieszenia "Szamotuł Pani". Wydarzenie to poprzedziły starania i wysiłki kolejnych proboszczów związane z umacnianiem i rozwijaniem kultu maryjnego. Cudem ocalały z wojennej pożogi obraz sprowadzono do kolegiaty i umieszczono w ołtarzu bocznym. Istotnym czynnikiem wzmacniającym kult maryjny było wprowadzenie w 1967 roku na stałe do cotygodniowej liturgii nowenny do Matki Bożej Pocieszenia "Szamotuł Pani". Niebawem ks. Jakubczak skierował wniosek o koronowanie cudownego obrazu, a w odpowiedzi Ojciec Św. Paweł VI nadesłał korony papieskie. Zarówno duszpasterze jak i wierni rozpoczęli przygotowania duchowe i organizacyjne do nadchodzącego wielkiego wydarzenia. Niedaleko kolegiaty ustawiono duży ołtarz polowy. Modlitwy rozpoczęto już w sobotę 19 września wieczorem. W nocy odprawiono Mszę św. Nastrój radości niezwykłości potęgowały światła licznych pochodni trzymanych przez wiernych. A przybyło na koronację ok. 50 tysięcy rozmodlonych ludzi. W obecności tak licznej rzeszy oraz przy udziale arcybiskupów, biskupów i miejscowych duszpasterzy ks. Prymas Stefan Wyszyński z ks. Arcybiskupem metropolitą poznańskim Antonim Baraniakiem i ks. Edmundem Nowackim, ordynariuszem gdańskim dokonali koronacji obrazu koronami papieskimi. Koronacja obrazu Matki Bożej Pocieszenia "Szamotuł Pani" była niewątpliwie największą uroczystością szamotulskiego kościoła w wieku XX.